Die Bildnachbearbeitung kann auf einzelne Bereiche des Bildes beschränkt werden. Es ist dann möglich, aus der Liste der Nachbearbeitungsfunktionen "Geraderücken", "Textinvertieren", "Linien entfernen", "Verschmutzung entfernen", "Ausrichtung", "Muster entfernen" und "Bildbereich ausschneiden" auszuwählen.

Mit der Funktion "Linien entfernen" können vertikale und horizontale Linien aus dem Bildentfernt werden. Dazu lassen sich dann noch detaillierte Parameter wie minimale Linienlänge, maximale Dicke, maximale Länge einer Linienunterbrechung, die nicht als Unterbrechungangesehen werden soll usw. auswählen.

Mit der Funktion "Verschmutzung entfernen" wird es möglich, einzelne Punkte und Punkthaufen zu entfernen. Dabei können die minimalen Abmessungen der "Punkte" in Breite und Länge definiert werden. Mit "Text schützen" wird erreicht, dass Punkte in unmittelbarer Nähe zu einem Text erhalten bleiben. Mit der "entfernen und füllen"-Funktion werden insbesondere Buchstaben in den Kanten "verschärft", was zu besseren Ergebnissen bei OCR-Anwendungen führt.

Mit der "Ausrichten"-Funktion wird das eingescannte Bild auf eine feste Position in horizontaler und vertikaler Lage korrigiert, wenn es nicht schon da liegt. Dadurch können nachfolgende Operationen, die Informationen (z.B. Markierungen) an einer bestimmten Stelle suchen, genauer arbeiten.

Der Pixtools®-Deskew funktioniert auch ohne schwarze Ränder um das Dokument. Pixtools® sucht zuerst im Image nach Textzeilen und dreht das Bild dann so, dass diese Textzeilen gerade stehen.

Wenn Textinformationen in grau hinterlegten Boxen vorhanden sind, entstehen beim bitonalen Scannen unterschiedliche störende Muster um den Text, die mit "Muster entfernen" beseitigt werden können.